Desde a criação do CISM, a formação tem sido uma das áreas estratégicas da instituição. As actividades de formação dirigidas a jovens investigadores e pessoal técnico são cruciais para garantir a sustentabilidade do Centro, contribuir para o desenvolvimento das capacidades de investigação em saúde em Moçambique, e liderar o desenvolvimento do país no sector da saúde pública. Moçambique precisa do desenvolvimento deste tipo de capacidades para o seu próprio desenvolvimento em especial na saúde e nas áreas de pesquisa.

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O CISM aposta no desenvolvimento do capital humano nacional, investindo na formação de investigadores e de pessoal técnico com a colaboração de instituições académicas tanto no âmbito nacional como internacional, destacando a parceria, com a Universidade Eduardo Mondlane (UEM), a ‘Unilurio, o Instituto de Ciências de Saúde de Moçambique (ISCISA), a Universidade de Barcelona (UB), o Instituto de Saúde Global de Barcelona (ISGlobal), Universidade de Gotemburg-Suécia,  Universidade da Bélgica entre outras.

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No entanto, nos últimos anos o CISM tem levado a cabo diferentes projectos que visam desenvolver, fortalecer e expandir as capacidades de pesquisa clínica, através do desenvolvimento de capacidades institucionais, tais como TESA, PAMAfrica, entre outros.