O Departamento de Serviços de apoio integra a supervisão e apoio a toda a actividade de apoio a pesquisa levadas a cabo pelo CISM, incorporando a coordenação das actividades das plataformas e serviços de apoio a pesquisa, onde a maior parte dos projectos são levados a cabo.

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É representado por um Coordenador de Operações, Plataformas e Serviços. Este departamento inclui 2 Plataformas de Apoio a Pesquisa, Demografia (Plataforma de Vigilância Demográfica) e Clínica (Plataforma de Vigilância de Morbilidade), e 3 Serviços de Apoio a Pesquisa, Laboratório, Tecnologia de Informação e Gestão de Dados e Formação.